经济适用房契税的计算有明确的法律依据，以下结合相关法律法规进行分析：
根据《中华人民共和国契税法》第三条规定：“契税税率为百分之三至百分之五。契税的具体适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的税率幅度内提出，报同级人民代表大会常务委员会决定，并报全国人民代表大会常务委员会和国务院备案。省、自治区、直辖市可以依照前款规定的程序对不同主体、不同地区、不同类型的住房的权属转移确定差别税率。”
在经济适用房交易中，各地会根据房屋套数、面积等因素适用差别税率。例如，首套90平米以下适用1%税率，就是地方政府在3%-5%的幅度内确定的差别税率，符合契税法的授权规定。因此，经济适用房契税的计算需结合当地具体政策，在法定税率幅度内确定具体应纳税额。
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在经济适用房契税计算过程中，存在一些常见的错误操作，需要避免：
1. 仅按合同价格计算契税：有些购房者误以为契税仅按购房合同上的价格计算，忽略了税务部门可能会对房屋进行评估，若评估价高于合同价，需按评估价计税，否则会导致少缴税款。
2. 忽略家庭住房套数认定：错误地认为经济适用房不受套数限制，实际上家庭拥有多套住房时，契税税率会提高，未如实申报套数会面临税务风险。
3. 错过税收优惠期限：部分地区对满一定年限的经济适用房有契税优惠，但购房者未及时了解政策或错过申报时间，导致无法享受优惠。
为避免因错误操作导致契税计算错误或产生额外费用，建议您在处理经济适用房契税事宜时，进一步向专业律师咨询。
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经济适用房契税的计算与房屋面积、购房套数及是否满五年等因素相关。以下是不同情况下的具体说明：
1. 如果是首套经济适用房，面积在90平方米及以下，契税税率通常为1%；
2. 若首套经济适用房面积在90平方米以上，契税税率一般为
1.5%；
3. 如果是二套经济适用房，面积在90平方米及以下，契税税率通常为1%；
4. 若二套经济适用房面积在90平方米以上，契税税率一般为2%；
5. 对于三套及以上经济适用房，契税税率通常为3%-4%，具体由当地政策规定。
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经济适用房契税计算过程中可能存在一些法律风险点，以下举例说明：
1. 申报信息不实的风险：如果在申报经济适用房契税时，故意隐瞒家庭住房套数或提供虚假的房屋面积信息，可能被税务部门认定为偷税漏税。例如，明明是二套房却申报为首套房以享受低税率，一旦被查实，将面临补缴税款、滞纳金甚至罚款的处罚。
2. 计税依据争议风险：若经济适用房的合同价格与税务部门的评估价格存在较大差异，双方可能对计税依据产生争议。比如，合同价明显低于市场价格，税务部门按评估价计税，购房者若不认可且无法提供合理理由，可能导致无法及时缴纳契税，影响房产过户。

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