工资和加班费分开发放的合法性需结合具体情况判断。
工资和加班费分开发本身不违法，但需满足法定要求。

1. 若分开发放时明确标注“工资”“加班费”项目，且加班费计算标准符合法律规定（如工作日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍），则属于正常操作。
2. 若分开发放是为了拆分收入基数（如降低社保/公积金缴费基数），或未明确加班费项目、未按法定标准计算，则属于违法操作。
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工资和加班费分开发放存在以下特殊情况或例外情形。
1. 公司已获员工书面同意且不违反法定标准：若公司与员工书面约定分开发放工资和加班费，且加班费计算符合法律规定，该操作合法。例如：员工与公司签订补充协议，约定“工资按月发放，加班费次月单独发放”，且加班费计算基数、倍数符合《劳动法》第四十四条，该分开发放行为有效。
2. 特殊工时制度下的例外：实行综合计算工时制的员工，加班费发放周期可能与标准工时制不同（如季度结算），但仍需明确标注“加班费”项目。若公司未标注，即使分开发放也可能因性质不明引发纠纷。
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工资和加班费分开发放可能存在以下法律风险点。
1. 加班费性质无法证明的风险：若公司分开发放时未明确标注“加班费”，仅以“补贴”“奖金”名义发放，员工后续主张加班费时可能因证据不足败诉。例如：员工每月收到两笔银行转账，公司辩称第二笔是“绩效奖金”，但员工无法提供证据证明该笔为加班费，仲裁委未支持其加班费诉求。
2. 社保权益受损的风险：若公司通过分开发放拆分工资基数（如将部分工资计入“加班费”以降低社保缴费基数），员工社保缴费金额减少，退休后养老金待遇降低。例如：员工劳动合同约定月工资10000元，公司将5000元作为“工资”、5000元作为“加班费”发放，仅以5000元为基数缴纳社保，导致员工每月社保缴费减少约1000元，退休后养老金每月少领约200元。
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工资和加班费分开发放过程中，常见以下错误操作需避免。
1. 忽视项目标注：未要求公司明确“加班费”项目，仅通过银行流水看到两笔收入就默认合法，导致后续主张加班费时无法证明收入性质（如公司辩称第二笔是“奖金”而非加班费）。
2. 放弃沟通权利：发现加班费计算错误后，未及时与公司沟通或留存证据，导致劳动仲裁时因证据不足无法维权。

若您已出现上述错误操作，建议尽快补充收集证据并咨询律师，避免权益进一步受损。

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